1月13日上午，学校在枫林堂枫叶厅召开第二届五次教职工代表大会暨工会会员代表大会（以下简称“双代会”）。全体校领导、第二届“双代会”正式代表、人大代表、政协委员、各民主党派、无党派人士、各单位党委班子成员等特邀、列席代表共200多人参加了会议。学校党委副书记昌家杰主持会议。
会上，余艳红校长代表学校向大会作了《南方医科大学2013年度工作报告》，回顾了2013年学校的主要工作，提出了2014年工作思路和工作任务。余校长指出，2013年是贯彻落实十八大精神的开局之年，是学校“十二五”规划承前启后的关键一年。在学校党委的正确领导下，全体教职员工凝心聚力、真抓实干，使学校的建设呈现出欢欣鼓舞的新局面，主要表现在8个方面：重大项目实现了新突破；教学工作保持良好发展势头；科研实力不断提升；附属医院建设得到加强；学科人才建设稳步推进；后勤改革初显成效；党的群众路线教育实践活动扎实有效；党的自身建设不断加强。
余校长强调，2014年，学校工作将以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，深入贯彻党的十八大和十八届三中全会精神，按照省委省政府的要求，紧紧围绕学校“十二五”建设与发展规划目标，以提升教学质量为核心，以实施创新强校工程为突破口，以完善内部治理结构为着力点，以改善民生福利为落脚点，坚定信心，深化改革，攻坚克难，乘势而上，努力推动学校新一轮大发展。在高标准做好教学、科研、医疗、管理等各项常规工作的同时，重点抓好18项工作：抓好“创新强校”工程实施；“部部省”共建工作；创新本科、研究生人才培养机制；加大重点人才引进与培养力度；着力推进重点平台和重点项目建设；探索医院协同发展机制；推进国际化办学；完善学校内部治理；规范学校产业管理；加强国有资产管理；深化人事分配制度改革；加强改善民生；巩固扩大教育实践活动成果；做好第七次党代会的筹备工作；加强领导班子和干部队伍建设；加强改进大学生思想政治教育工作和党风廉政建设。
工会专职副主席曾莉作了《2013年度工会工作报告》，她从4个方面总结了过去一年学校教代会、工会的主要工作，提出了2014年学校教代会、工会工作的主要任务。
会议认为，余艳红校长作的《南方医科大学2013年度工作报告》高度概括了一年来学校取得的突出成绩，明确提出了2014年学校工作总体思路和主要工作任务，符合学校实际。会议号召，全校教职员工要在学校党委的正确领导下，进一步增强责任感和使命感，齐心协力，扎实工作，为建设我们的共同美好家园—南方医科大学而努力奋斗。
最后，学校党委姜虹副书记、胡炜副校长、陈志中副校长分别宣读了2013年获得全国总工会、广东省总工会和学校工会表彰的先进单位和先进个人表彰决定，并为获奖单位和个人颁发了奖牌、证书。