学校现有校本部、南校区、顺德校区3个校区，学校产权占地面积176.68万平方米，学校产权建筑面积84.67万平方米。
学校2011年合计招生12710人，其中，博士生279人、硕士生926人、本专科生3654人、成人教育本专科（业余班）7706人、留学生145人。
全日制在校生总数18846人，其中：博士生952人、硕士生2613人、本专科生14621人、留学生660人。成人教育本专科（业余班）14085人。
拥有10个博士授权一级学科，67个博士学位授权学科，90个硕士学位授权学科，26/45个本科专业/方向；7个博士后流动站：基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、中西医结合、药学。
拥有3个国家重点学科（二级）：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床；                        
2个国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）；      
5个国家中医药管理局重点学科：中医内科肾病学、中药制剂学、中医内科脑病学、中药药理学，中医痹病学；      
10个广东省重点学科：神经生物学、病理学与病理生理学、影像医学与核医学、外科学、肿瘤学、军事预防医学、中西医结合临床、药理学、内科学、人体解剖与组织胚胎学；      
7个国家特色专业：生物医学工程、临床医学、中医学、预防医学、护理学、医学检验、医学影像学；      
6个省级名牌专业：中医学、中药学、生物医学工程、护理学、医学影像学、临床医学；      
6个广东省“十一五”医学重点专科：消化内科、肾脏病科、产科学（围产医学）、感染内科、脊柱外科、神经外科。
2个教育部省部共建重点实验室：重大疾病的转录组与蛋白质组学重点实验室、器官衰竭重点实验室；      
13个省级重点实验室：广东省医学生物力学重点实验室、广东省医学休克微循环重点实验室、广东省医学图像处理重点实验室、广东省热带病研究重点实验室、广东省病毒肝炎研究重点实验室、广东省分子肿瘤病理重点实验室、广东省新药筛选重点实验室、广东省肾功能衰竭研究重点实验室、广东省中药制剂重点实验室、广东省组织构建与检测重点实验室、广东省生物芯片重点实验室、广东省蛋白质组学重点实验室、广东省胃肠疾病重点实验室；      
6个广东省高校重点实验室：重大疾病的转录组与蛋白质组学重点实验室、抗体工程重点实验室、脑功能修复与再生重点实验室、骨与软骨再生重点实验室、神经可塑性重点实验室、新发传染病重点实验室；      
2个国家级实验教学示范中心：医学基础实验教学中心、预防医学实验教学中心；      
7个省级实验教学示范中心：医学基础实验教学中心、生物医学工程实验教学中心、药学化学实验中心、中药学实验教学中心、中医学实验教学中心、预防医学实验教学中心、医学影像数字仿真教学示范中心、临床技能实验教学中心、生物化学实验教学中心；      
2个教育部工程研究中心：数字化诊断治疗设备教育部工程研究中心、应对核化生恐怖医学防护教育部工程研究中心建设项目。      
拥有7种定期公开出版的专业刊物：《南方医科大学学报》、《护理学报》、《分子影像学》、《中国医学物理学杂志》、《中国临床解剖学》、《中华创伤骨科杂志》、《中华神经医学杂志》。