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余光创课题组在《Molecular Biology and Evolution》上发表研究成果

发布时间:2019-10-22


进化生物学国际著名期刊《Molecular Biology and Evolution (《分子生物与进化》) 1区,IF=14.797)在线发表了我校基础医学院生物信息学系余光创教授课题组的论文《treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data》,南方医科大学为第一和通讯单位,余光创教授为为独立通讯作者。

 

   

系统发育学领域长期存在不同软件之间文件格式不兼容,缺乏有效的手段整合外部的数据(元数据、实验数据、流病数据及临床数据等),这极大地限制了学科的发展,数据整合将有助于发现新的系统模式以及产生新的科学假说。

 

针对这一基础性的问题,余光创课题组开发了treeio软件包(另有tidytreeggtree,也由余光创课题组开发,见下图)。treeio包支持多种进化树格式和常用的软件包的输出文件,并且支持整合外部数据,由此允许比较来自不同模型的进化推断、比较使用同一模型的不同软件分析结果、计算软件推断数据与观测数据的相关性等。treeio支持输出多种格式,包括整合进化树和相关数据的BEASTjtree格式,有助于数据分享,提高数据分析可重复性以及数据重用。结合输入与输出的功能,将允许用户进行格式转换,这也将推动整合不同软件分析流程的开发。因此这一软件有助于整合不同软件、不同进化模型和不同来源的数据,同时也扩展了系统发育树在不同学科中的应用。

 

全文链接为:https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msz240

   

Treeio功能介绍及与tidytreeggtree的关系

 

余光创教授于2018年9月作为第三层次引进人才入职南方医科大学基础医学院;2019年7月起任基础医学院生物信息学系副主任(主持全面工作)。入职短短一年多的时间里,以南方医科大学为第一单位和通讯单位,发表了三篇1区的文章(Bioinformatics, 2018; Molecular Biology and Evolution 2018,  2019), 总影响因子> 34。