南方医科大学人武部是2004年学校移交广东省后组建成立的。学校党委十分重视人民武装工作，2004年12月，全校部门调整和人事整合，决定人武部与保卫处一套班子、两块牌子，合署办公，配备了正副部长、主任和人武干事。校党委要求人武部工作要根据学校的发展和形势的要求，不断开拓创新，勇于进取，与时俱进，注重发挥高校科技优势，开创人武工作新局面。2005年下半年以来，我校人武部在广州市白云区人武部的指导下，认真落实省、市教育部门和军分区的指示精神，按照党委对人武工作的部署，在组织建设、队伍建设、基础建设、正规化建设和理论建设等方面，积极开展各项工作，探索高校人武工作的新特点、新规律。