形态学设备主要包括高分辨共聚焦显微镜、高分辨转盘共聚焦显微镜、高分辨三维超速成像（光片）显微镜、全光谱激光共聚焦显微镜、超分辨率显微镜、多光子激光扫描显微镜、全自动玻片扫描系统、超高分辨X射线成像系统、冷冻等离子双束高分辨扫描电子显微镜，120KV透射电子显微镜、场发射扫描电子显微镜、冷冻和常温超薄制样平台，等大型精密设备，以服务科研为宗旨，面向校内外单位提供综合型显微分析测试及图像处理分析。

此外，还配有最新的细胞成像全光谱流式分选、全光谱流式分析、小颗粒流式分析、超速流式细胞分选仪、多维高清流式细胞分析仪，以及单细胞分析制备系统，可用于常规分选和复杂稀有细胞的分选、细胞亚群的定量分析，在免疫学、发育生物学、遗传学、肿瘤等领域应用广泛。