根据《国家基础科学人才培养基金实施管理暂行办法》，"国家基础科学人才培养基金"将用于支持国家教委批准的国家理科(数、理、化、天、地、生、力、心理)、基础农学和基础医药学等基础科学的人才培养基地的建设，开展教学改革、教材建设和教师培训；适当资助国家科委认定的特殊学科点和大科学工程的人才培养。项目执行期为五年。"国家基础科学人才培养基金"的组织实施，要充分发挥基金制管理的优越性，贯彻"依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理"的原则。为了更好地执行《国家基础科学人才培养基金实施管理暂行办法》，特制订如下实施细则：
一、 基地建设部分
申 请
1.经国家教委批准的理科、基础农学和基础医药学研究和教学人才培养基地(以下简称基地)共83个，有资格申请本基金。
2.申请者按规定的内容和要求认真、实事求是地填报《国家基础科学人才培养基金申请书》(以下简称《申请书》)，经所在学校主管领导审阅、签署意见后报送国家自然科学基金委员会(以下简称科学基金委员会)综合计划局。
3.《申请书》包括基地的基本情况、基地建设成绩和经验以及进一步改革与建设的思路和措施等内容。
4.科学基金委员会于1997年底和1999年7月份两次布置申请工作。
评 审
5.科学基金委员会根据学科特点和评审工作需要，组织数学与力学、物理学与天文学、化学、生物学与心理学、地学、基础农学、基础医药学等七个学科评审组对各基地的申请进行评审。
6.各基地推荐一位公正性强、学术造诣高、熟悉教学工作的专家经科学基金委员会商国家教委后由"国家基础科学人才培养基金"管理委员会(以下简称管委会)批准参加学科评审组，必要时还可邀请其他专家参与学科评审组工作。学科评审组设组长1人，副组长1-2人，由科学基金委员会商有关部门后提出适当人选报管理委员会批准。
7.学科评审组成员应以科学、公正的态度参加评审工作，不为部门、单位和个人谋取利益。
8.对申请的评审与基地建设的经验交流和工作研讨相结合，在此基础上，学科评审组根据"国家基础科学人才培养基金"评审指标体系，对各基地的申请进行认真评审，提出评审意见。
9."国家基础科学人才培养基金"评审指标体系，紧紧围绕"国家基础科学人才培养基金"的使用，力求突出重点、便于操作。评审指标体系在征求各有关部门、单位意见的基础上，提交管委会审定后执行。
10.科学基金委员会根据评审结果，提出资助方案，报管委会批准执行。
实施管理
11.获得资助的基地每年年底须向科学基金委员会综合计划局提交《国家基础科学人才培养基金项目年度执行报告》，报告项目实施和经费使用情况。
12.项目结束后，基地负责人填写《国家基础科学人才培养基金项目总结报告》交科学基金委员会综合计划局。科学基金委员会将会同基地主管部门组织学科评审组对其完成情况进行检查和验收。
13.基地所在的学校应关心和支持基地工作，及时研究和检查基地建设情况，帮助解决基地建设中出现的问题。
财务管理
14.科学基金委员会按年度计划将基金资助经费拨至受资助单位，专款专用。
15.下达的经费应用于教学、实验、实习条件的建设、图书资料的购置、骨干教师的培养、选用优秀教材及教学改革研究等方面，具体比例各基地从本基地实际出发，根据申请书的内容酌情掌握。
16.各项目在向科学基金委员会报送《国家基础科学人才培养基金项目年度执行报告》的同时应向本单位主管财务部门报送，以利于财务部门做好服务的行使监督职能。
17.项目执行期满时，各单位主管财务部门完成项目经费决算并向科学基金委员会综合计划局提供经费使用情况汇总表，科学基金委员会将对经费使用决算进行抽查。
二、 教学改革研究专项部分
申 请
1.科学基金委员会委托国家教委高教司专项管理教学改革研究经费，该专项经费每年400万元，其使用范围包括：国家教委立项的理科"面向21世纪教学内容和课程体系改革"项目和"面向21世纪课程教材"的研究与出版；资助高等学校基础学科专业教师的培训等。
2."面向21世纪教学内容和课程体系改革"研究项目、"面向21世纪课程教材"项目和其它与基地有关的教学研究项目，凡已经国家教委批准立项的，由牵头主持学校和项目负责人向国家教委高教司提出经费申请；滚动实施的项目，由有关学校和项目负责人向国家教委高教司提出项目申请。
3.基地基础学科专业的教师培训项目，由有关学校和项目负责人填写《教师培训计划经费申请表》，由国家教委高教司提出申请。
评 审
4.国家教委高教司根据教学改革总体部署，组织有关学科教学指导委员会的专家对申请的项目进行评审论证。
5.国家教委高教司根据教学指导委员会的评审意见，提出资助方案，报管委会批准后执行。
实施管理
6."面向21世纪教学内容和课程体系改革"研究项目负责人每年年终要填报《"面向21世纪教学内容和体系改革计划"项目年度进展表》；"面向21世纪课程教材"项目和其它与基地有关的教学研究项目，各项目负责人和项目承担单位每年年终要向项目管理部门报送研究和改革进展情况。
7.基地基础学科专业的教师培训项目，学校在培训结束后及时将总结材料报国家教委高教司。
8.学校应由主管教学工作的领导负责项目的实施、检查和验收。
9.国家教委高教司对各项目的实施情况进行不定期的检查监督，对教学研究项目完成得好的基地和个人将给予表彰和奖励，并优先审批后继项目计划；对项目管理不当、违反规定的单位和个人，将视情况减少或停止申报新的项目经费，直至追究责任。
10.国家教委高教司每年向科学基金委员会提交专项工作年度进展报告，项目结束时提交专项总结报告。
财务管理
11.项目经审定批准后，国家教委高教司按年度下达项目经费。
12.教学研究经费下达到有关院校后，学校应立即开展有关工作。各有关学校应坚持专款专用的原则，并落实相应的配套资金。
13.各有关单位和项目负责人在项目结束时，向国家教委高教司报送经费决算表。国家教委高教司将对经费的使用情况进行抽查。
三、 大科学工程和特殊学科点部分
申 请
1.经国家科委认定的大科学工程及特殊学科点有资格申请本基金。
2.申请者按规定的内容和要求认真、实事求是地填报《国家大科学工程及特殊学科点人才培养基金申请书》(以下简称《申请书》)，经所在单位学术委员会审阅、签署意见后报送科学基金委员会综合计划局。
3.《申请书》内容包括本项目人才培养计划、培养措施、预期目标及经费预算等内容。
4.科学基金委员会于1997年底以前布置申请工作，1998年3月31日为受理申请截止日期。
实施管理
5.科学基金委员会将报送的《申请书》送专家或主管部门评议，根据评议结果提出总的资助金额和年度拨款计划，报管委会批准后按计划将年度经费划拨到大科学工程和特殊学科点所在单位。
6.申请者每年1月份向科学基金委员会综合计划局提交《国家大科学工程及特殊学科点人才培养基金年度执行报告》，报告上一年项目实施和经费使用情况。
7.科学基金委员会根据项目年度执行情况核拨当年的资助经费。
8.项目进行中，科学基金委员会不定期地对项目实施及经费使用情况进行检查。
9.项目结束后，项目负责人填写《国家大科学工程及特殊学科点人才培养基金总结报告》，科学基金委员会将组织专家对项目完成情况进行检查和验收。
财务管理
10.基金资助经费，由科学基金委员会按年度计划拨至受资助单位，专款专用。
11.下达的经费全部用于大科学工程及特殊学科点的人才培养，不应用作建设经费、运行经费和科研经费的补充。
12.各项目在向科学基金委员会报送《国家大科学工程及特殊学科点人才培养基金年度执行报告》的同时应向本单位主管财务部门报送，以利于财务部门做好服务和行使监督职能。
13.项目执行期满时，各单位主管财务部门完成项目经费决算并向科学基金委员会综合计划局提供经费使用情况汇总表，科学基金委员会将对经费使用及决算进行抽查。