一、基本信息

姓名：李文                                

职称：教授，博士生导师

联系邮箱： lw20240811@smu.edu.cn/ liwen960925@163.com

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二、学习经历

2015.9-2019.7 北京林业大学，生物与技术学院，学士

2019.9-2024.7 北京大学，前沿交叉学科研究院（整合生物学方向）,博士

三、承担教学任务

四、主要研究方向

本课题组旨在结合单分子测序平台开发一系列用于描绘细胞的基因组、表观组、转录组和细胞状态的兼顾高通量和高精度的新型单细胞多组学测序工具。这些工具将推动我们对复杂生物系统的理解，并为疾病治疗提供新颖的诊断线索。我们会将这些工具应用在我们感兴趣的领域，包括细胞谱系命运决定、免疫细胞的功能调控以及肿瘤疾病的发生发展等。

主要关注的科学问题包括：

（1）利用新型测序技术鉴定肿瘤免疫治疗新靶点，探究免疫细胞中染色质结构与基因功能调控的机制，筛选出具有调控免疫细胞功能的三维基因组关键调控因子，将其进行临床转化。

（2）探究肿瘤相关染色体外环形DNA促进肿瘤发生发展的机制以及靶向染色体外环形DNA的治疗。

五、主要学术任职

六、培养学生情况

七、主要获奖情况

代表性论文

[1] Li, W.^*, Lu, J.^*, Lu, P., Gao, Y., Bai, Y., Chen, K., Su, X., Li, M., Liu, J., Chen, Y., et al. scNanoHi-C: a single-cell long-read concatemer sequencing method to reveal high-order chromatin structures within individual cells. Nature Methods, 2023, 20, 1493–1505. (IF=48, JCR 1区)

This study was highlighted in Research Briefing of Nature Methods. scNanoHi-C uncovers single-cell high-order chromatin structures and gene regulation. Nature Methods, 2023 20, 1456–1457.

[2] Xie, H. ^*, Li, W. ^*, Guo, Y. ^*, Su, X., Chen, K., Wen, L., and Tang, F. Long-read-based single sperm genome sequencing for chromosome-wide haplotype phasing of both SNPs and SVs. Nucleic Acids Res, 2023, 51, 8020-8034. (IF=15, JCR 1区)

[3] Xie, H. ^*, Li, W. ^*, Hu, Y., Yang, C., Lu, J., Guo, Y., Wen, L., and Tang, F. De novo assembly of human genome at single-cell levels. Nucleic Acids Res, 2022, 50, 7479-7492. (IF=15, JCR 1区)

[4] Fan, X. ^*, Yang, C. ^*, Li, W. ^*, Bai, X., Zhou, X., Xie, H., Wen, L., and Tang, F. SMOOTH-seq: single-cell genome sequencing of human cells on a third-generation sequencing platform. Genome Biol, 2021, 22, 195. (IF=12.3, JCR 1区)

[5] Tian, Y. ^*, Li, Q. ^*, Yang, Z. ^*, Zhang, S. ^*, Xu, J., Wang, Z., Bai, H., Duan, J., Zheng, B., Li, W., et al. Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer. Signal Transduction and Targeted Therapy, 2022, 7, 346. (IF= 39.3, JCR 1区)

[6] Li, Q. ^*, Wang, R. ^*, Yang, Z. ^*, Li, W., Yang, J., Wang, Z., Bai, H., Cui, Y., Tian, Y., Wu, Z., et al. Molecular profiling of human non-small cell lung cancer by single-cell RNA-seq. Genome Medicine, 2022, 14, 87. (IF=12.3, JCR 1区)

[7] Chen, J., Ou, Y., Yang, Y., Li, W., Xu, Y., Xie, Y., and Liu, Y. (2018). KLHL22 activates amino-acid-dependent mTORC1 signalling to promote tumorigenesis and ageing. Nature, 2018, 557, 585-589. (IF=64.8, JCR 1区)