定向越野俱乐部成立于2005年10月，隶属南方医科大学团委，接受社团联合会管理，体育部 监督。

预防医学社成立于2006年11月12日，是由希望提高医学专业知识与技能、志愿从事社会及医疗服务事业的南方医科大学学生组成的全校性社团。

南方医科大学笛箫协会成立于2007年4月，自成立时候起，我们的目的就在于让会员们感受民族音乐的美妙与神奇，领略到民族文化的博大精深。

中医药文化社团成立于2006年，以传承和弘扬中医药文化知识为宗旨，下设有针灸推拿，太极拳和中草药三个特色小组。

2009年4月19日，南方医科大学军乐队2004至2008级成员， 在顺德校区举行四周年队庆活动。

南方医科大学公共关系协会成立于2005年，是一个公益类的社团。

麒麟法学社成立于2005年6月，是由南方医科大学人文社科学院扶持的以＂增强医学生法律意识，提高法学生学术水平＂为目的的学生学术性社团。

生命医学学社是一个以普及医学知识，培养医学生学习兴趣为目的的医学学术性社团。

异国风情社是一个以英语为特色，在校团委、校社团联合会的领导下，由学生自发组织的群众性年轻社团。

本着“以棋牌会知己，促交流建友谊”的宗旨，为南医的学子们建立一个交友的平台，为学生的课余生活更加的丰富精彩，为中国古代文化的传承献一点微薄之力。

南方医科大学乒乓球俱乐部是学校第一批成立的社团之一，在校体育部和社联指导下运作。

先飞羽毛球俱乐部于2005成立，以“团结、拼搏、竞争、向上、服务同学、改革创新、丰富生活、共同提高、共同进步”为宗旨广大羽毛球爱好者提供了一个以球会友、交流球艺、增进友谊、共同进步的平台。

辩论与口才协会成立于2006年9月，是南方医科大学的一大特色品牌。

大爱无疆——愿你，愿我，愿我们——让爱的声音响彻世界的每一个角落……  手语是一种美丽的身体语言，是无声世界里最动听的声音。

杏林戏剧社自2002年成立以来，始终坚持以提高学生艺术修养，培养学生对戏剧艺术的兴趣和一定戏剧参与能力为目的；以充分培养和发挥学生能力为活动原则开展活动，且曾三次荣获南方医科大学“十佳社团”、两次“优秀社团”的称号。