南方医科大学公共关系协会成立于2005年，是一个公益类的社团。

麒麟法学社成立于2005年6月，是由南方医科大学人文社科学院扶持的以＂增强医学生法律意识，提高法学生学术水平＂为目的的学生学术性社团。

生命医学学社是一个以普及医学知识，培养医学生学习兴趣为目的的医学学术性社团。

异国风情社是一个以英语为特色，在校团委、校社团联合会的领导下，由学生自发组织的群众性年轻社团。

本着“以棋牌会知己，促交流建友谊”的宗旨，为南医的学子们建立一个交友的平台，为学生的课余生活更加的丰富精彩，为中国古代文化的传承献一点微薄之力。

南方医科大学乒乓球俱乐部是学校第一批成立的社团之一，在校体育部和社联指导下运作。

先飞羽毛球俱乐部于2005成立，以“团结、拼搏、竞争、向上、服务同学、改革创新、丰富生活、共同提高、共同进步”为宗旨广大羽毛球爱好者提供了一个以球会友、交流球艺、增进友谊、共同进步的平台。

辩论与口才协会成立于2006年9月，是南方医科大学的一大特色品牌。

大爱无疆——愿你，愿我，愿我们——让爱的声音响彻世界的每一个角落……  手语是一种美丽的身体语言，是无声世界里最动听的声音。

杏林戏剧社自2002年成立以来，始终坚持以提高学生艺术修养，培养学生对戏剧艺术的兴趣和一定戏剧参与能力为目的；以充分培养和发挥学生能力为活动原则开展活动，且曾三次荣获南方医科大学“十佳社团”、两次“优秀社团”的称号。

粤濠轩手工艺协会，是以拓展同学们课余爱好为主，促进学生素质全面提高，丰富学生课余文化生活的文艺类社团。

协会成立于2004年，本校篮球爱好者自发组成，以“提高校园篮球技能，丰富学生课外活动，以“增强学生素养体魄，学习娱乐并存发展”为宗旨。

轮滑运动是由溜冰运动发展而来，但轮滑运动以其形式的丰富多样，所需场地条件的随意性，迅速崛起并超越溜冰运动成为了风靡世界的一项时尚体育运动。

生命启航青年会成立于2005年5月，在南方医院王宏薇医生的指导下，我们长期坚持开展大规模的社会义务宣传工作，如国际地贫日纪念活动等,并取得了社会一致好评。

天使爱心协会成立于2005年4月，是一群富有爱心，热衷于公益事业的南医学子自发创办的。