学校现有校本部、南校区、顺德校区3个校区，学校产权占地面积176.68万平方米，学校产权建筑面积84.51万平方米。
学校2012年合计招生12368人，其中，博士生284人、硕士生979人、本专科生3361人、成人教育本专科（业余班）7586人、留学生158人。
全日制在校生总数19909人，其中：博士生973人、硕士生2763人、本专科生15450人、留学生723人。成人教育本专科（业余班）18988人。
拥有10个博士授权一级学科，75个博士学位授权学科，98个硕士学位授权学科，26/50个本科专业/方向；7个博士后流动站：基础医学、临床医学、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、中西医结合、药学。
拥有3个国家重点学科（二级）：人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床；
2个国家重点（培育）学科：病理学与病理生理学、外科学（骨外）；
6个国家中医药管理局重点学科：中医肾病学、中药制剂学、中医脑病学、中药药理学，中医痹病学，中西医结合基础；
10个广东省重点学科：基础医学、临床医学、中西医结合、生物医学工程、公共卫生与预防医学、生物学、护理学（重点培育学科）、口腔临床医学、药学、社会医学与卫生事业管理；
7个国家特色专业：生物医学工程、临床医学、中医学、预防医学、护理学、医学检验、医学影像学；
6个省级名牌专业：中医学、中药学、生物医学工程、护理学、医学影像学、临床医学；
7个广东省“十一五”医学重点专科：消化内科、肾脏病科、产科学（围产医学）、感染内科、脊柱外科、神经外科、肿瘤科；
2个省级研究院（所）：广东省肾脏病研究所、广东省骨科研究院；
2个教育部省部共建重点实验室：重大疾病的转录组与蛋白质组学重点实验室、器官衰竭重点实验室；
13个省级重点实验室：广东省医学生物力学重点实验室、广东省医学休克微循环重点实验室、广东省医学图像处理重点实验室、广东省热带病研究重点实验室、广东省病毒肝炎研究重点实验室、广东省分子肿瘤病理重点实验室、广东省新药筛选重点实验室、广东省肾功能衰竭研究重点实验室、广东省中药制剂重点实验室、广东省组织构建与检测重点实验室、广东省生物芯片重点实验室、广东省蛋白质组学重点实验室、广东省胃肠疾病重点实验室；
7个广东省高校重点实验室：重大疾病的转录组与蛋白质组学重点实验室、抗体工程重点实验室、脑功能修复与再生重点实验室、骨与软骨再生重点实验室、神经可塑性重点实验室、新发传染病重点实验室、基于人类疾病斑马鱼模型的高通量新药筛选重点实验室；
2个广东省国际合作实验室：广东省新药筛选国际联合实验室、人类疾病斑马鱼模型研究联合实验室；
2个国家级实验教学示范中心：医学基础实验教学中心、预防医学实验教学中心；
12个省级实验教学示范中心：医学基础实验教学中心、生物医学工程实验教学中心、药学化学实验中心、中药学实验教学中心、中医学实验教学中心、预防医学实验教学中心、医学影像数字仿真教学示范中心、临床技能实验教学中心、生物化学实验教学中心、计算机实验教学示范中心、医学生物技术实验教学中心、急救与康复技能实验教学中心；
2个教育部工程研究中心：数字化诊断治疗设备教育部工程研究中心、应对核化生恐怖医学防护教育部工程研究中心建设项目；
3个广东省高校工程中心：保健食品新功能和安全性评价工程中心、中药化妆品工程中心、重大传染病诊断试剂工程中心；
拥有7种定期公开出版的专业刊物：《南方医科大学学报》、《护理学报》、《分子影像学》、《中国医学物理学杂志》、《中国临床解剖学》、《中华创伤骨科杂志》、《中华神经医学杂志》；
主要开办了21家企业：广东南方医大资产经营有限公司、东方药林药业有限公司、广东南方洁灵科技实业有限公司、广东南方医大科技开发有限公司、广州宜诚数字医疗系统有限公司、广州南方医大医疗设备综合检测公司、广州南方医大物业管理公司、广州市南方仁脉商贸有限责任公司、广州南方医大科技园有限公司、广州南方医大科技实验动物有限公司、广州南方宜信信息科技有限公司、广州南医吉洛美生物科技有限公司、广东南医科技投资有限公司、广东一大国隆日用品有限公司、东莞南方医大松山湖科技园公司、东莞南方医大代谢医学研发有限公司、东莞松山湖明珠实验动物科技公司、广州华银医学检验中心有限公司、广州润友物业管理有限公司、广州珠润生物科技有限公司、广州方弘后勤管理服务有限公司