物质分析技术单元主要设备包括，超高效液相系统和纳升液相系统的高分辨质谱仪、多模式质谱成像系统、全自动在线样品纯化-三重四极液质联用仪、三重四级杆气质联用仪，以及600兆超导核磁共振波谱仪等。日常开展针对生物样本的蛋白质组学、多肽组学、代谢组学和脂质组学定性定量分析测定，以及小分子化合物、核酸分子、高分子材料和多肽等的结构确证等检测项目。