物质结构解析模块的设备主要包括600兆超导核磁共振波谱仪、配备超高效液相系统和纳升液相系统的高分辨质谱仪、全自动在线样品纯化-三重四极液质联用仪以及三重四级杆气质联用仪，已经开展小分子化合物、核酸分子、高分子材料和多肽等的结构确证、含量测定以及蛋白质组学、多肽组学、代谢组学和脂质组学等检测项目。