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中西医结合临床学科是国家重点学科、中西医结合医学一级博士学位授权学科。教育部网络2007年中国大学研究院二级学科A++学校排名榜，排名第二（共67个单位），在《中国大学评价》组公布中国大学研究生院医学各一级学科A++学校排名第四（共71个单位），表明中西医结合学科在全国同类院校名列前茅。支撑本学科的条件有：国家中医药管理局重点学科6个，国家中医药管理局重点专科4个，国家中医药管理局科研三级实验室3个，广东省中医药局重点专科2个，广东省重点实验室1个。有国家中药临床药理基地1个，国家中医药局治未病中心1个。国家特色专业1个，国家教学团队1个，国家精品课程1门。广东省攀峰重点一级学科1个，广东省名牌专业2个，广东省特色专业2个，广东省高校实验教学示范中心2个，广东省精品课程2门，广东省精品视频公开课1门，广东省级精品资源共享课1门。学科方向包括中西医结合脑病、肾病、风湿骨病、消化病、心血管疾病、中药新药研究等6个。承担国家食品药品监督管理局药物临床试验机构四个专业方向的临床试验任务。

学科带头人：吕志平教授。主要科研方向为肝病的中西医结合临床与基础研究。主任医师、博士生导师，南方医科大学中医药学院院长，国家及全军优秀教育工作者，广东省名中医，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师。国家教育部高等中医类教育指导委员会委员、全国二个一级学会常务理事、全国4个二级学会副主委等多个社会团体职务。主持各类课题20余项，发表论文200余篇，其中SCI收录11篇（最高IF 11.055），主编、辅主编著作教材30余部。获中国中西医结合学会科学技术一等奖1项，省科技进步二等奖1项，省教育成果二等奖2项（排名1、5），中华中医药学会科技二等奖1项，军队科技进步医疗成果二等奖共3项，军队科技进步三等奖3项，省教育成果三等奖2项，国家发明专科2项。