生物医学工程学院的前身是生物医学工程系，成立于1986年，1993年，获取生物医学工程学科硕士授权点，2000年，获取生物医学工程学科博士授权点，2003年，获批准设立生物医学工程学科博士后流动站，2005年生物医学工程专业被评为广东省名牌专业，2006年，获取计算机应用技术学科硕士授权点，获批广东省实验教学示范中心。现开设有5个本科专业和方向，已培养学生超过2000名，在校生1306名。其中本科生1230名，研究生76名。

学院现有教职工93人，教师系列人数为83人。其中教授7人，副教授21人，博士生导师5人，硕士生导师16人，享受政府特殊津贴专家5人，我国生物医学工程领域著名专家、中国工程院俞梦孙院士为学院双聘院士。学院现拥有国家973项目首席科学家1人，中国生物医学工程学会常务理事1人，教育部高等学校专业教学指导委员会副主任委员1人，中国图像图形学会副理事长1人，省级学会理事以上职务3人，总后优秀教师3人，总后育才银奖3人，广东省丁颖科技奖1人，广东省南粤优秀教师2人，南方医科大学教学名师2人。

院长陈武凡教授是我国图像处理研究领域内的著名专家，拥有多项学术任职和荣誉称号。近年内发表论文161篇，主编教材和专著各2部，获国家发明二等奖1项，教育部发明一等奖1项，教育部自然科学二等奖1项，中国高校自然科学二等奖1项，军队科技进步奖二等奖1项，国家科技进步三等奖1项；现主持973项目1项，国家自然科学基金重点项目1项，国家自然科学基金3项，其他省部级项目多项。

学院目前可开设各层次各类专业基础课和专业课共计113门，已摸索出一套培养理工医结合的复合型人才的办学之路，《培养理工医结合的复合型人才研究》获国家教学成果二等奖。

学院在国内生物医学工程学科领域享有很高的知名度和影响力，在2002年全国生物医学工程一级学科整体水平评估中综合成绩排名第八，其中科学研究单项成绩名列第三，是广东省同类院校中唯一进入前10名的学科。

学院拥有教学科研设备等固定资产总值达2000多万元，拥有中外文藏书合计2.24万册、中外文期刊341种。