形态学模块拥有激光共聚焦显微镜、超分辨率显微镜、双光子激光扫描显微镜、电子显微镜等多种大型精密设备，以服务科研为宗旨，面向校内外单位提供综合型光学显微镜分析测试及图像处理分析。模块有经验丰富的专职老师7名，为用户提供全面的技术指导。配备的显微镜有：激光共聚焦显微镜（正置型、倒置型）、双光子激光扫描显微镜（正置型、倒置型）、超分辨率显微镜（SIM/STORM/TIRF）、透射电子显微镜和扫描电子显微镜，可以实现多色荧光成像、全景扫描、活细胞长时程动态监测、荧光漂白后恢复（FRAP）、荧光共振能量转移（FRET）、光谱扫描及光谱拆分、亚细胞结构超分辨成像、活体小动物荧光成像等多种复杂功能，电子显微镜主要用于培养的细胞及生物组织超微结构(如：自噬体、溶酶体)的观察，广泛应用于生命科学、医学、药学、化学和材料、医学工程学等学科。此外，还配有超速流式细胞分选仪和多维高清流式细胞分析仪，可用于常规分选和复杂稀有细胞的分选、细胞亚群的定量分析，在免疫学、发育生物学、遗传学、肿瘤等领域应用广泛。