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南方医科大学马克思主义学院前身为中国人民解放军第一军医大学政治理论教研室。2004年8月，随学校整体转制，更名为南方医科大学人文社会科学学院。2005年6月，成立思想政治理论课教学部。2008年7月成为广东省首家独立设置直属学校党委领导的马克思主义学院，2018年成为部校共建马克思主义学院。学院承担全校思想政治理论课教学、马克思主义理论学科建设、马克思主义理论学科硕士研究生培养等任务。
学院机构设置完备。学院设有马克思主义基本原理、中国化马克思主义概论、习近平新时代中国特色社会主义思想概论、思想道德修养与法律基础、中国近现代史纲要、形势与政策、研究生政治理论等7个教研室。
师资队伍力量厚实。学院现有专任教师60余人，其中高级职称教师36人、博士生导师2人、硕士生导师8人、博士学位教师42人。教师获全国三八红旗手、国家“万人计划”青年拔尖人才、全国思想政治理论课教师年度影响力人物、全军和解放军总后勤部优秀教师、全军育才奖、南粤优秀教师、广东省高校思想政治理论课名教师等荣誉称号；拥有国家级项目、省级项目评审专家3人，省高校思想政治理论课教学指导委员会委员3人；在国家级、省级学会担任重要职务6人。
教学质量全面提升。学院高度重视思想政治理论课教学和课程质量建设，以精品和优质课建设为龙头，教学质量建设取得显著成效。现拥有国家级一流本科课程1门、省级一流本科课程3门，拥有省级精品资源共享课程1门、省级优质课程4门；教师主持获省级优秀教学成果一等奖、校级优秀教学成果特等奖；教师获粤桂琼赣滇五省（区）高校思想政治理论课青年教师教学基本功比赛一等奖、广东省第六届高校（本科）青年教师教学大赛一等奖等。
学科建设稳步前行。学院拥有马克思主义理论一级学科硕士学位授予权，在马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育研究、中国近现代史基本问题研究等二级学科专业方向招生。历经积淀，学科建设在马克思主义基本理论与实践、马克思主义中国化、思想政治教育与医学伦理等领域，已形成鲜明特色。
学术研究成果丰硕。学院先后承担国家社科基金、军队、省部级科研课题60余项、承担教学改革课题30余项、获奖近30项；在人民出版社、中国社会科学出版社等国家级出版社出版专著、教材20余部；在《哲学研究》《马克思主义研究》《历史研究》《人民日报》《光明日报》《经济日报》等权威报刊发表数十篇，多篇被《中国社会科学文摘》、《新华文摘》、人大复印资料、“学习强国”等全文转载。
平台发展成效显著。拥有广东省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心南方医科大学研究基地、广东省中国特色社会主义理论体系研究中心南方医科大学研究基地、广东省毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系教学研究基地、广东省高校大学生思想政治教育社会实践教学基地和广州市青年马克思主义理论人才培养研究重点基地，是广东省内为数不多的具有四个省级和一个市级教学科研平台的马克思主义学院之一。
学生培养质量较高。学院招收3年制学术型研究生。近五年，毕业生就业率均达到100%，就业去向多为学校、医院、政府机关、企事业单位等，学生综合素质优良，就业质量高，受到用人单位广泛好评。
学院坚持把立德树人贯穿人才培养全过程。通过改革创新，打造精品课程，不断提高思政课教学效果；坚持用习近平新时代中国特色社会主义思想武装学生头脑，强化社会主义核心价值观教育，努力把青年大学生培养成有家国情怀和仁心仁术的时代新人。