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南方医科大学药学院是原第一军医大学转制移交广东省后，于2005年6月成立的学院。2010年1月始，学院全面试行学术负责人制（PI制），2014年9月，成为南方医科大学首批“试点学院”之一。2020年1月1日起，全院实施第三轮PI制和新型本科教学管理体制。

学院秉承“创新引领发展，特色成就卓越”的理念，以特色内涵建设、教学模式改革、多元协同创新发展以及体制机制创新“四位一体”的改革目标为使命，更新理念，整合资源，汇聚人才，为跻身中国高校最优秀的药学院行列而奋斗。

学院设有8个创新群体、1个本科教学工作部、2个本科学系、9个教学团队、3个支撑中心。拥有药学一级学科博士后科研流动站，药学一级学科博士、硕士学位授权点、药学硕士专业学位授权点，以及药学（四年制）和临床药学（五年制）两个本科专业。药学专业为广东省名牌特色专业，2019年10月通过教育部药学专业认证，2020年获国家首批一流本科专业建设点，临床药学专业2021年获国家一流本科专业建设点。学院建有全国药学专业学位研究生培养示范基地和2个广东省教学示范中心。现有国家药监局药物代谢研究与评价重点实验室、广东省新药筛选重点实验室等7个省部级以上科研平台。

药学院现有正式在编人员101人，专任教师80人，其中：正高33人，副高35人，中级12人；研究生导师54人，其中博士生导师27人；具有博士学位教师占专任教师总数90%，具有留学背景的教师占比54%。拥有国家杰青、国家特支计划、科技部“中青年科技创新”领军人才、国家海外高层次人才、国家优青、青年长江等国家级人才11人次；广东省“珠江学者”、特支计划“百千万工程”人才、南粤优秀教师等省级人才25人次；广州市“珠江科技新星”等市级人才12人次。十余名教师在国家级学术团体兼职，包括中国药理学会抗炎免疫药理专业委员会主任委员、中国药理学会临床药理专业委员会副主任委员、中国药理学会分析药理学专业委员会副主任委员、中国药理学会药物代谢专业委员会副主任委员等。

近年来（2016-2022年），学院先后承担了国家科技重大专项、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金区域创新发展联合基金重点支持项目、广东省“新药创制”科技重大专项、广东省重点领域研发计划等国家、省市级课题296项，经费达1.9亿元。在Hepatology、J Extracell Vesicles、Sig Transduct Target Ther、Angew Chem Int Ed、Adv Sci、Adv Mater、J Med Chem、Brit J Pharmacol等国际著名期刊上发表了SCI论文930余篇，申请和获得国家发明专利、国际PCT专利180余项，其中授权122项。获省级以上教育研究项目27项；发表教学教改论文75篇；编写教材41部，其中主编、副主编19部。获省级教学成果奖二等奖1项。

2023年5月，药理与毒理学ESI排名全球前0.90‰，成功进入ESI全球前1‰，化学ESI排名全球前0.58%，材料科学ESI排名全球前0.57%。

药学院2016年、2017年连续两年被评为南方医科大学创新创业工作先进集体。学院与国药控股、丽珠医药、白云山制药厂等三十多家知名企业签署合作协议，为学生实习实践及就业提供良好保障。自主设立合众励志奖学金、时代助学金、太极—太罗奖学金、美迪高优秀学生骨干奖学金、校友学长发展基金、学院校友基金等奖助学金。每年约有15名本科生获得免试推荐研究生资格。

学院与国（境）内外多所知名高校和研究院开展交流合作。选派学生参加国际知名高校药学院的夏令营或线上培训项目，如美国匹兹堡大学暑期线上夏令营项目、美国UNC大学ITPS-在线暑期培训项目等。选派临床药学专业学生参加美国UIC国际交流分享会，选派学生赴香港中文大学、澳门科技大学药学院进行短期交流学习；药学（创新班）学生到中国药科大学 GMP 车间见习，药学（创新班）学生参加牛津大学线上培训项目、参加中科院中山药物创新研究院科研实习等。

招生专业：药学（含药学（创新班））、临床药学（含临床药学（卓越药师班））。