本学科系由基础医学院病理学系、南方医院病理科、广东省“分子肿瘤病理重点实验室”及“南方医科大学.华银病理诊断中心”组成，是集“医、教、研、用”四位一体的优秀病理学科，国内医学院校基础医学二级学科排列近3年稳居国内第一、二位。

2000年正式批准为全军医学重点实验室，

2001年被批准为广东省A类重点学科，

2002年批准为南方医科大学转基因动物技术平台所在单位

2004年批准为广东省重点实验室

2005年批准为省部共建重点实验室

2010年批准为教育部重大疾病转录组和蛋白质组学重点实验室

目前本学科是国家重点培育学科、国家临床重点专科、国家级病理医师培训基地、国家精品课程学科、国家级优秀教学团队学科，为博士学位授权学科和博士后招生单位。

本学科优势科研方向为肿瘤转移分子机制研究，2004年以来主持“973”分题、国家基金重点项目6项、国家自然科学基金66项、省市级项目68项。在New Engl J Med、Gastroenterology、Gut、Cell Res、Oncogene、Clin Cancer Res等国际著名杂志发表SCI论文130余篇，其中IF>10分论文7篇，IF>5.0论文50余篇，单篇最高IF=34.83。获国家科技进步二等奖1项、广东省科技一等奖1项、省部级科技二等奖11项，国家发明专利9项，主编、副主编及参编专著20余部。

学科人才力量雄厚，优秀青年人才辈出，其中教授、副教授25人，博士11人、硕士生导师17人，拥有国家级教学名师1人、教育部新世纪优秀人才1人、广东省杰青2人、广州市珠江科技新星3人，3人分别获得“中国杰出青年病理医师奖”和“中国病理研究杰出青年奖”。