近日，南方医科大学基础医学院余光创团队在Nature Protocols(一区）上发表了题为“Using clusterProfiler to characterise multi-omics data”的论文，并获编辑邀请在Springer Nature Research Communities的“Behind the Paper”栏目分享该论文的研究经历。

当前各种组学技术不断发展，而主要的目的，离不开寻找分子机制，鉴定受扰动的生物学过程和通路。余光创团队开发了这一领域广泛被使用的工具clusterProfiler，该工具能够整合最新的生物学知识、支持几千个物种、支持用户自定义的知识库、支持包括表观在内的多种组学，并提供了丰富的可视化手段帮助用户对结果进行解读。这一工具被广泛应用于组学数据分析中，成为生物信息学分析的基础性工具之一，已经被整合于超过40个生物信息学分析工具中，被应用于多个生信分析的网络服务器。

团队将clusterProfiler应用于多种组学数据分析中，包括：1）通过宏基因组和代谢组学数据，分析不同炎症性肠病不同亚型之间微生物-代谢物和疾病之间的相互关系；2）通过混池转录组数据鉴定毛竹为响应寒冷胁迫而激活的转录因子，并进一步刻画其功能；3）对单细胞数据进行细胞类型注释。这几个例子来呈现clusterProfiler在多组学上的灵活应用，能够很好地刻画疾病、分子机制和细胞状态。clusterProfiler能够应用于包括空间转录组、蛋白质组和表观基因组在内的多种组学数据。

基础医学院余光创教授为论文通讯作者，博士后徐双斌、博士生胡二强、博士后蔡炎彤、硕士生谢子敬和罗晓为共同第一作者。

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41596-024-01020-z