1.教研室简介（历史沿革，现状简介）

专业定位： 生物信息学本科专业针对大数据时代生物学和医学研究开发对信息学人才日益增长的需求，培养既掌握生物学和医学的基本理论和知识，又具备有效分析和管理生物医学大数据的复合型人才。为国家大数据精准医疗计划提供生物信息学人才支持，为科研机构、医院、公共卫生、环境保护等相关部门与行业生物信息学相关的教学、科研、管理、疾病分子诊断、药物设计、生物软件开发、环境微生物监测等工作提供高质量的后备人才。

南方医科大学生物信息学专业视频简介

历史沿革： 南方医科大学生物信息学本科专业于2005年开办于本校生物医学工程学院，是全国较早开办的几个生物信息学本科专业之一， 也是广东省首个生物信息学本科专业。2009年10月生物信息学本科专业移交基础医学院管理，首任科室主任为邓亲恺教授，2011年9月建成了生物信息学本科教学实验室。2012年在第二任系主任李金明教授的带领下申报设置了生物信息学二级交叉硕士、博士学位授予点。2021年6月余光创教授正式接任科室主任职务。

现状简介：经过18年的建设，生物信息学系形成了本科-硕士-博士-博士后的完整人才培养体系。具有三个学位授予点（生物信息学专业授予点，生物信息学二级交叉硕士授予点及生物信息学博士授予点）。2019年生物信息学本科入选为教育部首批国家级一流本科专业建设点。建设有专业专用高通量计算中心、数据中心、实训基地、实验智慧教室等先进的教学科研软硬件平台。中国科教评价网2023年南方医科大学生物信息学本科专业排名全国第一，学科整体排名全国第十。

2023中国科教评价院统计本科专业排名

2023上海软科统计学科整体排名

特色优势： 生物信息学本科专业一致坚持学系与医院、企业合作的培养模式， 高年级本科生按照个人兴趣可在生物信息学教研室、遗传学教研室、发育生物学教研室、南方医院多个科室或者华大基因、诺和致源等企业实习实训。目前本专业已与深圳华大基因组研究院、北京諾禾致源基因组技术公司、北京国家人口健康数据平台等多个国内顶尖的生物信息学相关公司和机构达成意向，接受生物信息学本科生毕业实习。近年来生物信息学本科毕业生升学就业成绩显著，就业率在全校各本科专业中名列前茅。历届毕业生中近50%升入耶鲁大学、华盛顿大学、加州大学Davis分校、乔治敦大学、墨尔本大学、新加坡国立大学，哥本哈根大学、中科院、复旦大学、上海交通大学、中山大学、南方科技大学、东南大学、中国军事医学科学院等国内外名校以及本校深造；其余学生也大都在华大基因、广州赛业等北上广的相关公司就职，生物信息学本科毕业生出现了供不应求的可喜局面。这为培养应用性生物信息学本科人才提供了有力条件。

2.师资队伍（按职称分类写）

南方医科大学生物信息学系现有专职教师11人，生导师其中教授4人，副教授3人，有博士学位者8人，7人分别有留学美国、德国、英国和新加坡等国及香港地区的经历，在生物信息学方向可授予学士、硕士和博士系列学位。另外，校内生物信息学方向博士研究生导师7名。新兴的交叉学科的大量人才需求以及高水平的专职教师团队为南方医科大学发展生物信息学打造了坚持的学科优势基础。

3.教学工作：课程，教材建设，教学课题简介，人才培养（本科生研究生）

人才培养：目前生物信息学本科专业招生规模50人/届，在读硕士博士约40人，在站博士后3人。迄今为止，生物信息学本科专业共毕业学生400余人、其中升读硕士博士以及博士后170余人，为社会输送了一批批合格的生物信息学专业人才，绝大多数毕业生在生物技术公司、制药公司、高校、医院和科研院所工作。生物信息学本科专业近5年来的升学就业率平均高于95%，毕业生颇受用人单位好评。历届毕业生平均有52% 进入国内一流高校或海外知名高校继续深造，其余的毕业生大都在北上广深等大城市的医院、高校、生物技术和制药公司等从事生物信息学相关工作。

教学任务：

生物信息学本科专业课程（10门）：生物信息学导论、计算分子生物学、计算机药物辅助设计、生物信息学中的统计方法、生物信息学应用语言、生物信息学数据库、高性能计算、基因组学、高通量测序数据分析、计算系统生物学导论。

其他本科专业课程： 生物信息学（基础医学、生物技术、生物统计、临床八年制、中西医结合本科专业）。生物信息学本科专业的生物学和医学基础课程由基础医学院多个国家级、省级教学名师领衔的国家级教学团队承担。

研究生课程： 生物信息学（全校研究生选修课）

总教学时数： 约900学时/学年

教改课题：

(1) 2023年广东省教育厅质量工程项目“应用型生物信息学人才特殊班”。

(2) 2017年省高等教育教改项目 “生物信息学本科专业发展与教学改革”。

(3) 国家级大学生创新创业项目3项，省级大学生创新创业项目2项。

4.科学研究：定位，研究方向，代表性团队及论文

生物信息学系的教师在基因组信息学，统计遗传学、生物数学模型、基于高通量测序的大数据挖掘，长非编码RNA进化机制、基因组进化分析、基因表达数据分析等领域开展研究工作。目前在研项目9项，总经费356万元。

近两年的代表性论文：

Tang W, Zheng H, Xu S, Li P, Zhan L, Luo X, Dai Z, Wang Q, Yu G. MMINP: A computational framework of microbe-metabolite interactions-based metabolic profiles predictor based on the O2-PLS algorithm. Gut Microbes. 2023 Jan-Dec;15(1):2223349. doi: 10.1080/19490976.2023.2223349. PMID: 37306408; PMCID: PMC10262779.

Xu S, Zhan L, Tang W, Wang Q, Dai Z, Zhou L, Feng T, Chen M, Wu T, Hu E, Yu G. MicrobiotaProcess: A comprehensive R package for deep mining microbiome. Innovation (Camb). 2023 Feb 2;4(2):100388. doi: 10.1016/j.xinn.2023.100388. PMID: 36895758; PMCID: PMC9988672.

Wen Y, Wu Y, Xu B, Lin J, Zhu H. Fasim-LongTarget enables fast and accurate genome-wide lncRNA/DNA binding prediction. Comput Struct Biotechnol J. 2022 Jun 18;20:3347-3350. doi: 10.1016/j.csbj.2022.06.017. PMID: 35832611; PMCID: PMC9254339.

Chen J, Lin J, Hu Y, Ye M, Yao L, Wu L, Zhang W, Wang M, Deng T, Guo F, Huang Y, Zhu B, Wang D. RNADisease v4.0: an updated resource of RNA-associated diseases, providing RNA-disease analysis, enrichment and prediction. Nucleic Acids Res. 2023 Jan 6;51(D1):D1397-D1404. doi: 10.1093/nar/gkac814. PMID: 36134718; PMCID: PMC9825423.

Wang F, Tan P, Zhang P, Ren Y, Zhou J, Li Y, Hou S, Li S, Zhang L, Ma Y, Wang C, Tang W, Wang X, Huo Y, Hu Y, Cui T, Niu C, Wang D, Liu B, Lan Y, Yu J. Single-cell architecture and functional requirement of alternative splicing during hematopoietic stem cell formation. Sci Adv. 2022 Jan 7;8(1):eabg5369. doi: 10.1126/sciadv.abg5369. Epub 2022 Jan 7. PMID: 34995116; PMCID: PMC8741192.

Zhou L, Feng T, Xu S, Gao F, Lam TT, Wang Q, Wu T, Huang H, Zhan L, Li L, Guan Y, Dai Z, Yu G. ggmsa: a visual exploration tool for multiple sequence alignment and associated data. Brief Bioinform. 2022 Jul 18;23(4):bbac222. doi: 10.1093/bib/bbac222. PMID: 35671504.

Tang J, Huang M, He S, Zeng J, Zhu H. Uncovering the extensive trade-off between adaptive evolution and disease susceptibility. Cell Rep. 2022 Sep 13;40(11):111351. doi: 10.1016/j.celrep.2022.111351. PMID: 36103812.

5.荣誉与奖励

（1）2020年美国大学生数学建模竞赛（MCM/ICM），二等奖（Honorable Mention）

（2）2021年南方医科大学本科课程（设计）教学竞赛，三等奖

（3）2022年第十二届MathorCup高校数学建模挑战赛，一等奖

（4）2023年美国大学生数学建模竞赛（MCM/ICM），一等奖（Meritorious Winner）

6、科室合影

我系2017级专业学子与导师合影