为了深入推动我校广东省高水平大学建设工作，响应《国家“十三五”规划纲要》首次提出的关于大学教育 “实行通识教育和专业教育相结合的培养制度”， 南方医科大学于2016年7月成立通识教育部，全面负责学校通识教育建设和改革工作。
通识教育部目前共有管理人员3人;专业技术老师28人，其中教授3人，副教授4人，讲师16人，助教5人。所属老师承担国家社科基金、广东省哲学社会科学基金等科研项目十余项，担任多部全国规划教材的主编或副主编，公开发表论文一百余篇，担任全国和省市级相关学术团体的职务三十余项。
通识教育部设有党政办公室、教研办公室，负责本部门的党务、行政、教学、科学研究的管理工作。通识教育部有体育教研室、汉语言文学教研室、通识教育教研室三个教学与研究单位。
体育教研室教师体育和通识教育面向全校学生，汉语言文学教研室面向部分本科专业和全体留学生进行教学。
特色之一：部门负责全校通识教育体系的设计与规划，组织开展通识教育课程模块建设，设立文史经典与中华传统，人类社会与自我认知，艺术、体育与劳动实践，科学精神与哲学智慧，文明对话与世界视野五个一般模块，以及具有医科大学通识教育特色的生命科学与医学人文模块；培育学校通识核心课程，推介优秀通识课程，支持出版医学生通识教育系列读本；开展“通识讲坛”、经典导读、校园文化建设通识课程论文竞赛等品牌活动，丰富通识教育第二课堂。逐步建设形成符合通识教育一般特征且具有南方医科大学特色的通识教育体系，实现我校通识教育“博学、大爱、通达、融汇”的人才培养目标。
特色之二：部门负责我校体育学科建设、本专科生以及八年制本硕博连读学生的体育课程教学、群体竞赛、大学生体质测试、体育科研等工作。建有多支普通大学生运动队，坚持全年训练，积极参加广东省和全国大学生体育竞赛，并在比赛中取得佳绩。注重激发学生们对体育活动的主动参与意识，每年举办学生田径运动会、健美操、篮球、排球、气排球、跳绳等群众性体育比赛，参加各项体育竞赛活动学生近万人次，使学生的运动爱好和专长得到充分发挥，增强了学生的体质健康水平。
特色之三：部门承担留学生的汉语教学工作，开设了基础汉语、中国概况、医学汉语等课程，承办了教育部语言文化中心的“汉语桥”项目：“岭南医药文化2021年线上团冬令营”，并通过医学汉语大赛、留学生中国诗词书写大赛、留学生中国传统文化展等以中国文化为中心的活动开展中外文化交流与传播，弘扬中国优秀传统文化，提升留学生对中国文化的理解能力及汉语应用能力。承担了外国语学院、卫生与管理学院的文学语言类课程，并开设了针对全校大学生的人文通识选修课程，包括中西文化比较、文学经典中的五味人生等，着力培养医学生的批判性思维、国际化通识视野及人文素养。
（更新于2024年8月21日）
