现有国家重点实验室、国家临床医学研究中心、粤港澳大湾区脑与类脑研究中心等国家和省部级科研平台132个，科技部重点领域创新团队2个、教育部创新团队2个、国家自然科学基金创新研究群体1个。共获国家科技三大奖30项，省部级一等奖62项，获国家科技奖数量位居广东省属高校第一。2024年，学校获国家自然科学基金429项，立项数位居全国高校第16位、全国独立医科大学首位、广东省高校第2位，连续9年跻身全国30强。2024年获中国博士后科学基金93项，位列全国高校第13、独立医科院校第1。学校先后在Nature、Cell、NEJM、JAMA、Lancet等国际著名期刊发表高水平论文。《南方医科大学学报》11次荣获“百种中国杰出学术期刊”称号，综合评价得分位列全国医科大学学报类期刊第一。