现有国家重点实验室、国家临床医学研究中心、粤港澳大湾区脑与类脑研究中心等国家和省部级科研平台116个，科技部重点领域创新团队2个、教育部创新团队2个、国家自然科学基金创新研究群体1个。共获国家科技三大奖29项，省部级一等奖55项，获国家科技奖数量位居广东省属高校第一。2023年，获国家自然科学基金442项，立项数位居全国高校第16位、全国独立医科院校首位、广东省高校第2位，连续8年跻身全国30强。附属南方医院国家基金立项数连续3年位列全国医疗机构前10，其中最好成绩为全国医疗机构第3位、广东省医疗机构第1位。2023年获中国博士后科学基金115项，位列全国高校第13、独立医科院校第1。《南方医科大学学报》入选“中国科技期刊卓越行动计划”梯队期刊类项目，荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。