近日,南方医科大学基础医学院病理学系/南方医院病理科梁莉教授团队联合广东省人民医院、陆军军医大学西南医院、山东省立医院等多家国内医疗机构,在数字健康领域的顶级期刊 The Lancet Digital Health (IF=24.1)发表了题为 Molecular alterations prediction in gliomas via an interpretable deep learning model: a multicentre and retrospective study的研究论文,开发并验证了一种基于基础模型的可解释性预测器GMAP(Glioma Molecular Alterations Predictor),能够直接从常规病理切片中预测胶质瘤四种分子变异,无需人工标注,为胶质瘤的精准诊断提供了一种经济、高效且可拓展的新路径。
胶质瘤的分子分型在诊断、治疗决策及预后评估中具有关键作用。近年来,随着第五版世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类的更新,IDH突变、1p/19共缺失、TERT启动子突变以及7号染色体获得伴10号染色体缺失(+7/-10)等关键分子事件,已成为胶质瘤精准诊断的重要依据。然而,目前分子分型检测严重依赖于耗时长且价格昂贵的基因测序、荧光原位杂交及免疫组化等技术,在资源有限的环境中往往难以实施。因此,如何从常规组织病理切片中实现快速、准确、低成本的分子变异预测,成为病理AI研究的重要方向。
本研究共纳入来自14个独立队列的4024名脑胶质瘤患者、6298张H&E全视野病理切片,涵盖TCGA、EBRAINS数据库及国内12家医疗机构。团队基于病理基础模型UNI及GLTrans架构构建了GMAP模型,通过弱监督深度学习方法,实现对IDH突变、1p/19q共缺失、TERT启动子突变及染色体+7/-10改变的预测。同时,还进一步在细胞级、组织级和切片级三个不同层面进行了全面的多尺度可解释性分析。
结果显示,GMAP在内部测试集中性能优越:预测IDH的受试者工作曲线下面积(Area Under Curve,AUC)达0.939(95% CI:0.865–0.993),1p/19q共缺失达0.955(95% CI:0.898–0.992),TERT启动子突变达0.944(0.849–1.000),+7/-10改变达0.886(0.802–0.955)。在来自12家医疗机构及公共数据集的外部验证中,IDH及1p/19q共缺失预测仍保持较高性能,AUC分别达到0.870(95% CI 0.857–0.883)和0.885(0.865–0.905),展现出良好的跨中心泛化能力。可解释性分析显示,GMAP关注的形态特征既包括已知的分子变异相关的特征,也包括先前未被识别的特征。此外,模型的注意力热图与对应免疫组化染色结果高度一致,进一步增强了模型预测的可信度。

附图 GMAP工作流程和性能验证概况图
综上,本研究研发并多中心验证了脑胶质瘤分子分型智能诊断模型GMAP,提供了一种技术上可行的方案,能够在资源受限的环境中实现准确、快速且可能具有成本效益的分子变异识别,同时,可解释性揭示了模型所关注的特征,增加了模型在临床应用中的可信度,为AI病理的临床推广与转化应用奠定了重要基础。
美国加州大学洛杉矶分校放射肿瘤学与放射学系Ricky R Savjani教授在本期杂志上针对GMAP,发表了题为Digitised histopathology slides now ready for artificial intelligence: predicting the molecular signatures of gliomas专题述评,述评指出:GMAP是一项关键进展,它仅依赖常规切片即可对胶质瘤进行分子分型,有望取代昂贵且耗时的基因检测;它将亚视觉形态学特征与胶质瘤的关键分子变异联系起来,为模型可解释性提供了一个稳健的框架。未来,GMAP可在多种临床场景中落地应用,其应用价值将为数字病理的创新和推广开辟道路。
广东省人民医院韩楚副研究员、南方医院博士生李丹仪、华南理工大学赵秉超博士、浙江大学医学院附属第一医院张秀明副主任医师、广东三九脑科医院林建浩教授、天津环湖医院阎晓玲教授、烟台毓璜顶医院毛宁教授为本文共同第一作者,南方医科大学梁莉教授、广东省人民医院刘再毅教授、陆军军医大学西南医院卞修武院士、山东省立医院刘英超教授、陆军军医大学西南医院平轶芳教授、广东省人民医院张庆玲教授为共同通讯作者。
全文链接:https://authors.elsevier.com/sd/article/S2589-7500(25)00159-1