进化生物学国际著名期刊《Molecular Biology and Evolution》 (《分子生物与进化》) （1区，IF=14.797）在线发表了我校基础医学院生物信息学系余光创教授课题组的论文《treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data》，南方医科大学为第一和通讯单位，余光创教授为为独立通讯作者。

系统发育学领域长期存在不同软件之间文件格式不兼容，缺乏有效的手段整合外部的数据（元数据、实验数据、流病数据及临床数据等），这极大地限制了学科的发展，数据整合将有助于发现新的系统模式以及产生新的科学假说。

针对这一基础性的问题，余光创课题组开发了treeio软件包（另有tidytree和ggtree，也由余光创课题组开发，见下图）。treeio包支持多种进化树格式和常用的软件包的输出文件，并且支持整合外部数据，由此允许比较来自不同模型的进化推断、比较使用同一模型的不同软件分析结果、计算软件推断数据与观测数据的相关性等。treeio支持输出多种格式，包括整合进化树和相关数据的BEAST和jtree格式，有助于数据分享，提高数据分析可重复性以及数据重用。结合输入与输出的功能，将允许用户进行格式转换，这也将推动整合不同软件分析流程的开发。因此这一软件有助于整合不同软件、不同进化模型和不同来源的数据，同时也扩展了系统发育树在不同学科中的应用。

全文链接为：https://dx.doi.org/10.1093/molbev/msz240

Treeio功能介绍及与tidytree和ggtree的关系

余光创教授于2018年9月作为第三层次引进人才入职南方医科大学基础医学院；2019年7月起任基础医学院生物信息学系副主任（主持全面工作）。入职短短一年多的时间里，以南方医科大学为第一单位和通讯单位，发表了三篇1区的文章（Bioinformatics, 2018； Molecular Biology and Evolution 2018,  2019)， 总影响因子> 34。