余光创 博士

教授，博士生导师

生物信息学系主任

电子邮件: gcyu1@smu.edu.cn

电 话：020-61648632

通讯地址：广东省广州市白云区沙太南路1023号（510515）

个人简介

香港大学公共卫生学院生物信息学博士、博士后。现任南方医科大学基础医学院生物信息学系主任。

长期致力于通过生物医学、数学和计算机科学的交叉融合，开发生物大数据分析算法和软件，为解决生物医学领域复杂问题提供探索和分析数据的工具。主持国家自然科学基金面上项目，在Nature Protocols、The Innovation、Gut Microbes、Molecular Biology and Evolution等期刊发表论文40余篇，其中9篇为ESI高被引论文，他引频数超过4万次，入选全球高被引学者、全球前2%顶尖科学家榜单和中国高被引学者。

全国高校黄大年式教师团队成员、“101计划”生物信息学课程虚拟教研室成员，主持广东省高校教学质量与教学改革工程建设项目，参编多本国家规划教材，包括两本“101计划”教材。

研究方向

微生态分析与干预、多组学整合与分析、生物信息学软件工具开发

研究关键词

多囊卵巢综合征、抑郁症、单细胞空间转录组、深度学习

代表性论著

1. S Xu^#, E Hu^#, Y Cai^#, Z Xie^#, X Luo^#, L Zhan, W Tang, Q Wang, B Liu, R Wang, W Xie, T Wu, L Xie, G Yu^*. Using clusterProfiler to characterise Multi-Omics Data. Nature Protocols. 2024, https://doi.org/10.1038/s41596-024-01020-z. (IF: 13.1)

2. Q Wang, W Tang, L Chen, L Deng, G Yu^*. Decoding the Brain: Unveiling Comprehensive Cellular Atlases through Multiomics Mega Data. The Innovation. 2024, 5(4):100637. (IF: 32.1)

3. Y Cai^#, W Hu^#, Y Pei, Hao Zhao^*, G Yu^*. Encoding biological metaverse: Advancements and challenges in neural fields from macroscopic to microscopic. The Innovation. 2024, 5(3):100627. (IF: 32.1)

4. W Tang, H Zheng, S Xu, P Li, L Zhan, X Luo, Z Dai, Q Wang, G Yu^*. MMINP: A computational framework of microbe-Metabolite interactions-based metabolic profiles predictor based on the O2-PLS algorithm. Gut Microbes. 2023, 15(1):2223349. (IF: 12.1)

5. S Xu, L Zhan, W Tang, Q Wang, Z Dai, L Zhou, T Feng, M Chen, T Wu, E Hu, G Yu^*. MicrobiotaProcess: A comprehensive R package for deep mining microbiome. The Innovation. 2023, 4(2):100388. (IF: 33.1)

6. S Xu, Z Dai, P Guo, X Fu, S Liu, L Zhou, W Tang, T Feng, M Chen, L Zhan, T Wu, E Hu, Y Jiang^*, X Bo^*, G Yu^*. ggtreeExtra: Compact visualization of richly annotated phylogenetic data. Molecular Biology and Evolution. 2021, 38(9):4039-4042.

7. T Wu^#, E Hu^#, S Xu, M Chen, P Guo, Z Dai, T Feng, L Zhou, W Tang, L Zhan, X Fu, S Liu, X Bo^*, G Yu^*. clusterProfiler 4.0: A universal enrichment tool for interpreting omics data. The Innovation. 2021, 2(3):100141.

8. LG Wang, TTY Lam, S Xu, Z Dai, L Zhou, T Feng, P Guo, CW Dunn, BR Jones, T Bradley, H Zhu, Y Guan, Y Jiang, G Yu^*. treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data. Molecular Biology and Evolution. 2020, 37(2):599-603. (IF: 16.24)

9. G Yu^*, TTY Lam, H Zhu, Y Guan^*. Two methods for mapping and visualizing associated data on phylogeny using ggtree. Molecular Biology and Evolution. 2018,35(12):3041-3043. (IF: 14.797，ESI高被引论文)

10. G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam^*. ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data. Methods in Ecology and Evolution. 2017, 8(1):28-36. (ESI高被引论文，MEE期刊10周年纪念10篇代表作之一)

11. G Yu, LG Wang, Y Han, QY He^*. clusterProfiler: an R package for comparing biological themes among gene clusters. OMICS: A Journal of Integrative Biology. 2012, 16(5):284-287. (ESI高被引论文, 2011-2021中国高被引论文中被引次数最高的10篇国际论文之一)

教材与著作

1. 编委，《基于理工信的医学数据采集与分析》（“101计划”教材），北京大学医学出版社

2. 编委，《生物信息学》（“101计划”教材），高等教育出版社

3. 编委，《人工智能生物设计与分析》（合成生物学专业核心必修课程），高等教育出版社

4. 余光创，《R实战：系统发育树的数据集成操作及可视化》，2023，电子工业出版社

5. G Yu. Data Integration, Manipulation and Visualization of Phylogenetic Trees. 2022, Chapman and Hall/CRC

6. G Yu. Gene Ontology Semantic Similarity Analysis Using GOSemSim. In: Kidder B. (eds) Stem Cell Transcriptional Networks. Methods in Molecular Biology, 2020, 2117:207-215. Humana, New York, NY

代表性课题

1. 广东省研究生教育创新计划项目，4万元，在研，主持

2. 广东省高校教学质量与教学改革工程建设项目，30万元，在研，主持

3. 国家自然科学基金面上项目，32270677, 54万元，在研，主持

4. 南方医科大学第三层次人才引进科研项目，150万元，已结题，主持

5. 国家重点研发计划，2017YFE0190800，99万元，已结题，参与

学术任职

iMeta期刊副主编

The Innovation期刊青年编委

The Innovation Life期刊编委

中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员

广东省生物信息学会理事

广东省精准医学应用学会微生态医学分会常务委员

广东省医学会医学遗传学分会青年委员会副主任委员

热心肠智库专家

执教课程

功能基因组学（研究生课程）

生物信息学（研究生课程）

毒理学原理与方法（研究生课程）

基因组学

生物信息学导论

生物信息学

生物技术前沿进展

基础医学新进展讲座

医学研究与医学发展

荣誉奖励

2023年全球高被引学者

连续4年入选“中国高被引学者”

连续3年入选全球前2%顶尖科学家榜单终身科学影响力排行榜

连续4年入选全球前2%顶尖科学家榜单年度科学影响力排行榜

2020学年南方医科大学教学优秀一等奖