李金明 博士

教授，博士生导师

生物信息学本科专业负责人

电子邮件:jmli@smu.edu.cn

电 话：020-61648279

通讯地址：广东省广州市白云区沙太南路1023号（510515）

个人简介

1985年北京师范大学数学系本科毕业， 1988年北京师范大学生物数学方向硕士研究生毕业。1988年至1994年任中国农业大学助教、讲师。1998年获德国达姆施塔特工业大学数学博士。自1999年至2010年先后在耶鲁大学医学院任博士后, 和在新加坡南洋理工大学生物科学学院任助理教授。2010年回国任南方医科大学基础医学院教授，于2010年至2018年任生物信息学系主任。

研究工作侧重于基因组生物信息学领域, 特别是基于基因芯片数据和高通量测序数据的肿瘤基因组亚型分析，基于多组学大数据分析的精准医疗研究等。在国外工作期间以及回国后以不同形式参与了多项生物学课题的合作研究，为这些项目提供生物信息学支持。以合作作者， 第一作者或通讯作者在国际生物学杂志上发表SCI论文40余篇，第一作者或通讯作者文章发表在《The American Journal of Human Genetics》，《BMC Genomics》等生物学杂志上, 合作作者文章发表在《Science》，《The American Journal of Human Genetics》，《The Plant Cell》和《Nucleotide Acids Research》等国际一流生物学杂志上。此外还开发了多个统计遗传学程序、生物芯片数据处理程序以及生物信息学数据库。在国外发表德文专著一部。共指导博士生6名, 硕士生12名。

研究方向

研究工作侧重于基因组生物信息学领域, 特别是基于DNA微阵列数据和高通量测序数据的肿瘤分子亚型分析，基于多组学大数据分析的精准医疗研究等。

研究关键词

中文：基因组生物信息学、 高通量测序、 分子亚型、 大数据

英文：Genome Bioinformatics， NGS , molecular subtype, big data

代表性论著

1. Wang WH, Xie TY, Xie TL, Li JM*, An Integrated Approach for Identifying Molecular Subtypes in Human Colon Cancer Using Gene Expression Data,Genes (Basel). 2018, 9(8):

2. Han X, Chakrabortti A, Zhu J, Liang ZX*, Li J*. Sequencing and functional annotation of the whole genome of the filamentous fungus Aspergillus westerdijkiae. BMC Genomics. 2016, 17(1):633

3.Ren Z, Wang W, Li J*. Identifying molecular subtypes in human colon cancer using gene expression and DNA methylation microarray data. Int J Oncol. 2016, 48(2):690-702

4. Song L, Guo Y, Deng Q, Li J*. TH17 functional study in severe asthma using agent based model. J Theor Biol. 2012, 309:29-33

5. Lu L, Li J*. A combinatorial approach to determine the context-dependent role in transcriptional and posttranscriptional regulation in Arabidopsis thaliana. BMC Syst Biol. 2009, 3:43

6. Lu L, Jia H. Dröge P, Li JM*, The Human Genome-wide Distribution of DNA Palindromes, Func Int Genomics 2007, 7(3):221-227

7. Li JM#, Sherman S, Lamb N, Zhao HY, Genetic Mapping with Trisomy Data. American Journal of Human Genetics 2001, 69:1255-1265 

8. Wang H, Ma LG, Li JM, Zhao HY, Deng XW. Direct interaction of Arabidopsis cryptochromes with COP1 in light control development. Science. 2001, 294(5540):154-158

9. Ma LG, Li JM, Qu LJ, Hager J, Chen ZL, Zhao HY, Deng XW, Light control of Arabidopsis development entails co-ordinated regulation of genome expression and cellular pathways. Plant Cell 2001,13:2589-2607 

10.Zhao H, Li J, Robinson WP. Multipoint genetic mapping with uniparental disomy data. Am J Hum Genet. 2000, 67(4):851-861

代表性课题

1.省高校人才引进专项人类基因组，2012/01—2014/12,主持

2.国家自然科学基金面上项目、2014/01-2014/12、主持。

3.国家自然科学基金面上项目，2013/01-2016/12、参与。

4.国家自然科学基金面上项目、2012/01-2014/12、参与。

学术任职

1.广东省生物信息学学会常务理事

2.广东省高性能计算学会理事

执教课程（课程及教材建设）

1.生物信息学统计方法, 生物信息学本科生必修课， 2010-至今

2.生物信息学应用语言，生物信息学本科生必修课， 2010-2019

3.生物信息学科研训练，生物信息学本科生必修课， 2015-至今

4.生物信息学，全校研究生选修课， 2010-至今