南方医科大学的前身是中国人民解放军第一军医大学，诞生于解放战争的隆隆炮火之中，是全国首批重点大学。

早在1956年，我校就开始了军队卫生学和预防医学的教学和研究工作。

1973年，第一军医大学成立基础部高温医学研究室与疟疾免疫研究室。

1993年，在原基础部疟疾免疫研究室、高温医学研究室等科室的基础上成立第一军医大学热带医学研究所，基础部主任耿仁文教授兼任所长，邱仞之教授、李英杰教授任副所长。

1996年，基础部流行病学教研室、寄生虫学教研室、军队卫生学教研室等科室加入，组建新的热带医学研究所，俞守义教授任所长，李明教授任副所长。

1999年9月，学校根据军事斗争准备的需要和学科群内涵建设的需求，将学校基础部的微生物学教研室、卫生统计学教研室、卫生勤务学教研室、防化医学教研室、防原医学教研室、分子免疫研究所等科室并入热带医学研究所，成立第一军医大学热带军队卫生学系，陈立明教授任主任，尹志国任政委，邹飞教授、李明教授任副主任。

 2003年4月18日，在军队卫生学教研室的基础上成立营养与食品卫生学教研室、环境卫生学教研室、卫生毒理学教研室，高温医学研究室分出并成立劳动卫生与职业病学教研室。

2003年6月24日，第一军医大学热带军队卫生学系领导班子调整，邹飞教授任主任，尹志国任政委，李明教授、徐建军副教授任副主任。

2004年8月24日，根据中央军委命令，第一军医大学从军队序列整体移交广东省管理办学，更名为南方医科大学。

2005年6月6日，在第一军医大学热带军队卫生学系的基础上成立南方医科大学公共卫生与热带医学学院，邹飞教授任院长，邱晓光副教授任党委书记。

2006年3月15日，根据学校党委决定，学院领导班子作出调整，邹飞教授任中共公共卫生与热带医学学院党委副书记、院长。

2006年8月23日，根据学校党委决定，冯小湖任公共卫生与热带医学学院党委书记。公共管理学院整体并入公共卫生与热带医学学院，学生归口学院全面管理。

□ 2007年4月24日，根据学校党委决定，陈晓光、万成松任公共卫生与热带医学学院党委委员、副院长。

□ 2016年4月11日，更名为南方医科大学公共卫生学院。