微生物学系是由原第一军医大学微生物学教研室转制而来，是广东省重点学科军事预防医学的主干学科之一。自上世纪60年代开始承担国防科委“抗天花病毒的特异性免疫”课题和应用阻抗和气象色谱技术快速诊断肠道致病菌的研究起，我校微生物学科已有近60年的发展历史。继2003年以来，获批病原生物学、微生物学和传染病预防控制博士和硕士学科点。学科旗下的学术队伍结构合理、作风严谨、充满活力和潜力。学科的各项研究已获得国家自然科学基金、国家“863”计划专项和国防/军队重点科研项目，以及省级重点项目等经费资助。尤其是2006年与美国南加州大学资深教授黄胜和共同组建“血脑屏障(BBB)/中枢神经系统(CNS)感染组学”研究团队，并聘请黄胜和教授为我系关键岗位特聘教授，同时首次招收博士研究生，集中开展了建立体内外血脑屏障模型、研究血脑屏障/中枢神经系统感染的发病和防治机理，目前已形成了以“跨血脑屏障的中枢神经系统感染”为主的研究方向和技术平台，具有一定研究领域优势和特色，相关研究在国际上已处于领先地位。我们率先在国际上提出了“脑膜炎三联症”的理论，目前相关理论和双道屏障相关研究已获得国家自然基金面上项目 5 项、青年基金 3 项，广东省自然科学基金重点项目 2 项和面上项目 3 项等十余项研究基金的资助，发表 SCl 论文40 余篇，一区单篇影响因子8.2。在建立体外/体内 BBB 模型和阐明血源播散病原微生物感染 BBB/CNS 机制方面有重要成果，所取得的成果277次被引用，并获得国 家人力资源和社会保障部的专业技术人才知识更新工程高级研修项目资助，向全国推广。我校微生物学学科是国内医科类高校在微生物学科国际影响力排名最高的学科，在总体学术影响力、篇均被引和学科相对影响力方面均排名第 1，今年已被学校列为冲刺 ESI 前 1%的建设学科。

近三年我系共获得国家自然科学基金4项，国防科技创新重点项目1项，广东省自然科学基金重点项目、省重点领域研发计划和省科技计划共3项等10余项经费资助，人均课题 1.5项，人均经费18万/年。发表各类学术论文百余篇，其中SCI收录50余篇，单篇影响因子5分以上的3篇，一区1篇，二区10余篇。

目前我系承担的必修课有：《感染与防御》（临床医学八年制本硕博连读）、 《医学微生物学》（临床医学、基础医学和预防医学等十余个专业本科生）、《食品微生物学》（预防医学食品安全专业本科）、临床医学留学生《Medical Microbiology》，以及硕士研究生公选课《高级医学微生物学》。

2013年我系《走进微生物世界》获批为广东省精品开放课程建设项目。原省级精品课程《病原生物学》（2006）仍为“国家级医学基础实验教学示范中心”和“省级预防医学实验教学示范中心”的重要组成部分。主编医学国际化教育“十三五”国家重点图书出版规划教材-英文版《医学微生物学》和《医学微生物学实验指导》二部，以及主编教育部推荐·研究生教学用书壹部：《高级医学微生物学》。参编临床医学八年制规划教材《医学微生物学》，临床医学等五年制本科规划教材《医学微生物学》、《病原生物学》（双语版）。负责省部级以上教学研究课题8项。获广东省教学成果一等奖1项和校级教学成果一等奖2项。获校级教学优秀一等奖5项。

目前我系现有教授2人、客座教授1名、副教授2人和在站博士后2名以及实验师1人。其中客座教授、美国南加州大学资深教授黄胜和，是研究中枢系统感染的国际知名学者。曾于1994年首次建立体内外血脑屏障模型，研究包括细菌性脑膜炎(Infect Immun., 1995, 63:4470，该文在该领域内引用率最高)、隐球菌性脑膜炎和其他CNS疾病，并应邀为细胞微生物学领域内顶尖杂志Cellular Microbiology，Microbes and Infections写专论文章。我系教师曾获“广州市珠江科技新星”称号1人，“南医优秀教师”1人。曹虹教授现任广东省预防医学会医学病毒专业委员会副主任委员，中华医学会微生物学与免疫学分会委员、中华医学会医学病毒学分会委员等职。

目前我系为基础医学-病原生物学（微生物学方向）、生物学-微生物学以及传染病预防控制（微生物学方向）的博士和硕士学位授权点，已培养硕士研究生60余名，博士研究生11名。其中获得国家奖学金的博士生3人次，获“南粤优秀研究生”硕士生1人。目前，每年招收博士1～2名，硕士4～5名。