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南方医科大学药学院是原第一军医大学转制移交广东省后，于2005年6月成立的学院。2010年1月始，学院全面试行学术负责人制（PI制），2014年9月，成为南方医科大学首批“试点学院”之一。2020年1月1日起，全院实施第三轮PI制和新型本科教学管理体制。
学院秉承“创新引领发展，特色成就卓越”的理念，以特色内涵建设、教学模式改革、多元协同创新发展以及体制机制创新“四位一体”的改革目标为使命，更新理念，整合资源，汇聚人才，为跻身中国高校最优秀的药学院行列而奋斗。
学院设有8个创新群体、1个本科教学工作部、2个本科学系、9个教学团队、3个支撑中心。拥有药学一级学科博士后科研流动站，药学一级学科博士、硕士学位授权点、药学硕士专业学位授权点，以及四年制药学专业（药学和药学（创新班））和五年制临床药学专业（临床药学和临床药学（卓越药师班））两个本科专业。药学专业为广东省名牌特色专业，2019年10月通过教育部药学专业认证，2020年获国家首批一流本科专业建设点；临床药学专业2021年获国家一流本科专业建设点，2023年6月通过教育部临床药学专业认证。学院建有全国药学专业学位研究生培养示范基地和2个广东省教学示范中心。现有国家药监局药物代谢研究与评价重点实验室、广东省新药筛选重点实验室、粤港澳新药筛选联合实验室等省部级以上科研平台8个。
药学院现有正式在编人员101人，专任教师80人，其中：正高33人，副高35人，中级12人；研究生导师54人，其中博士生导师27人；具有博士学位教师占专任教师总数90%，具有留学背景的教师占比54%。拥有国家杰出青年科学基金获得者、国家特支计划“科技创新”领军人才、国家百千万人才工程“有突出贡献中青年专家”、国家特支计划青年拔尖人才、国家海外高层次人才、国家优秀青年科学基金获得者、国家重大人才工程青年学者等国家级人才13人次；广东省“珠江学者”、特支计划“百千万工程”人才、广东省杰出青年基金获得者、南粤优秀教师等省级人才26人次；广州市“珠江科技新星”等市级人才12人次。有10余名教师在国家级学术团体任职，包括中国药理学会抗炎免疫药理专业委员会主任委员、中国药理学会临床药理专业委员会副主任委员、中国药理学会分析药理学专业委员会副主任委员、中国药理学会药物代谢专业委员会副主任委员等。近年来（2016年-2023年），学院先后承担了国家科技重大专项、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金区域创新发展联合基金重点支持项目、广东省“新药创制”科技重大专项、广东省重点领域研发计划等国家、省市级课题350余项，研究经费达2.1亿元。在Hepatology、Nat Commun、Sig Transduct Target Ther、Angew Chem Int Ed、Adv Sci、Adv Mater、J Med Chem、Brit J Pharmacol等国际著名期刊上发表了SCI论文1100余篇，申请国家发明专利、国际PCT专利203项，获得授权160项。获广东省药理学会科技成果奖二等奖1项、广东省丁颖科技奖1项，获“霍英东教育基金会第18届高等院校教育教学奖”二等奖1项，获广东省教育教学成果奖二等奖1项，获批国家一流本科课程1门、广东省一流本科课程4门及省级以上教育研究项目30项，发表教学论文90余篇，编写教材44部，其中主编、副主编26部。
2024年05月，药理与毒理学学科ESI位居全球第64名，位列全球前100强，排名全球前0.51‰，化学学科ESI排名全球前0.48%，材料科学学科ESI排名全球前0.38%。
药学院2016年、2017年连续两年被评为南方医科大学创新创业工作先进集体。学院拥有南方医院、珠江医院、广东省人民医院等15家医院实践基地，与国药控股、丽珠医药、白云山制药厂、中科中山药物创新研究院等十多家知名企业、科研院所签署合作协议，为学生实习实践及就业提供良好保障。自主设立合众励志奖学金、时代助学金、太极—太罗奖学金、美迪高优秀学生骨干奖学金、校友学长发展基金、学院校友基金等奖助学金。每年约有15名本科生获得免试推荐研究生资格。
学院与国（境）内外多所知名高校和研究院开展交流合作。选派学生参加国际知名高校药学院的夏令营或线上培训项目，如美国匹兹堡大学暑期线上夏令营项目、美国UNC大学ITPS-在线暑期培训项目等。选派临床药学专业学生参加美国UIC国际交流分享会，赴香港中文大学、澳门科技大学药学院进行短期交流学习；选派药学（创新班）学生到中国药科大学GMP车间实训，参加牛津大学线上培训项目，参加中国科学院中山药物创新研究院科研实习等。
近年来，药学、临床药学本科生获得省级以上各类竞赛奖项90余项，包括“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛国家级特等奖、省级金奖/一等奖等系列奖项10余项，全国大学生药苑论坛创新成果特等奖、一等奖等20余项，全国医药院校药学/中药学专业大学生实验技能竞赛等。近5年学院老师指导本科生（或本科阶段学生）参与发表SCI收录论文100余篇。学院本科毕业生深造率达50%，推免生90%以上被国内985高校录取。
招生专业：药学（创新班） 、药学、临床药学（卓越药师班） 、临床药学。
