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微生物学系是我校ESI世界排名前1% 微生物学科的骨干学系。我校微生物学科经历70年的发展历史，现在是国内医科类高校在微生物学科国际影响力排名最高的学科，在总体学术影响力、篇均被引和学科相对影响力方面均排名第一。目前我系是病原生物学、微生物学和传染病预防控制专业博士和硕士学位授权点，重点研究方向包括1）微生物致病和感染病防治机理，2）人体微生态与健康。

近年我系在血脑屏障/中枢神经系统病原微生物感染机制、肠道菌群参与宿主神经胶质细胞表型转化、蛋白稳态及蛋白糖基化调控方面取得重要成果，具备双基因编辑小鼠的技术平台，以及建立了人体健康菌群资源库并具备开展定向选育及工艺优化选育健康功能微生物的关键技术平台，拥有自主知识产权的功能性益生菌制剂。近年我系获得国家自然科学基金、国家“863”计划专项和国防/军队重点科研项目以及省级重点项目等30余项课题资助。发表各类学术论文数百篇，其中二区以上SCI论文40余篇，一区论文15篇。

目前我系承担的必修课有:《感染与防御》（临床医学八年制本硕博连读）、《医学微生物学》（临床医学、基础医学和预防医学等十余个专业本科生）、《食品微生物学》（预防医学食品安全专业本科）、临床医学留学生《Medical Microbiology》，以及硕士研究生公选课《高级医学微生物学》。2013年我系《走进微生物世界》获批为广东省精品开放课程建设项目。原省级精品课程《病原生物学》（2006）仍为“国家级医学基础实验教学示范中心”和“省级预防医学实验教学示范中心”的重要组成部分。主编医学国际化教育“十三五“国家重点图书出版规划教材-英文版《医学微生物学》和《医学微生物学实验指导》二部，以及主编教育部推荐研究生教学用书壹部：《高级医学微生物学》。参编临床医学八年制规划教材《医学微生物学》，临床医学等五年制本科规划教材《医学微生物学》《病原生物学》(双语版)。负责省部级以上教学研究课题9项。获广东省教学成果一等奖1项和校级教学成果一等奖2项。获校级教学优秀一等奖5项。

目前我系现有教授2人、客座教授1名、副教授1以及实验师3人。其中客座教授、美国南加州大学资深教授黄胜和，是研究中枢系统感染的国际知名学者。曾于1994年首次建立体内外血脑屏障模型，研究包括细菌性脑膜炎（Infect. Immun., 1995, 63: 4470，该文在该领域内引用率最高)、隐球菌性脑膜炎和其他CNS疾病，并应邀为细胞微生物学须域内顶尖杂志Cellular Microbiology，Microbes and Infections写专论文章。我系教师曾获得国家级“金桥奖”先进个人奖、“广州市珠江科技新星”称号和“南医优秀教师”等。现任主任曹虹教授目前担任广东省预防医学会医学病毒专业委员会副主任委员，中华医学会微生物学与免疫学分会委员、中华医学会医学病毒学分会委员等职。

目前我系为基础医学-病原生物学（微生物学方向）、生物学-微生物学以及传染病预防控制（微生物学方向）的博士和硕士学位授权点，已培养硕士研究生80余名，博士研究生15名。其中获得国家奖学金的博士生3人次，获“南粤优秀研究生”硕士生2人。目前，每年招收博士1~2名，硕士6~10名。